circos - Perl 기반 원형 시각화 어플리케이션

circos는 복잡한 유전자 데이터를 시각화하는 Perl 기반 어플리케이션입니다. 간단히 말해서, 위와 같은 그림을 그려주는 프로그램이죠. 유전자 데이터의 상관관계나 추세를 보여줄 목적으로 개발되었지만, 꼭 유전자 데이터가 아니더라도 위와 같은 그림을 그릴 수 있습니다.

이 어플리케이션의 특징은 데이터를 원형 레이아웃(lay-out)으로 그려 준다는 점입니다. 아래 그림처럼 다양한 레이아웃을 제공합니다.

여러가지 레이아웃

정보 시각화의 관점에서, 원형 레이아웃은 몇가지 장점이 있습니다. 정보를 좁은 공간에 압축해서 표현할 수 있다는 점이 첫번째죠. 두번째는 '각도' 요소가 비교적 직관적으로 정보를 표현하는 방식이라는 점입니다. 시각 요소에는 길이, 넓이, 굵기, 방향, 색깔, 모양, 각도 등이 있는데, 직관적으로 정보를 전달하기에 좋은 순서대로 나열하면 각도가 길이와 넓이 다음 쯤 오지 않을까 합니다. 보통 색깔 요소가 가장 덜 직관적이라 보죠. 물론 시각 요소를 어떻게 배치하고 이용하느냐에 따라 다르겠지만요.

circos를 이용한 시각화의 예

예를 들어 위 그림은 일반 염색체 22개와 성 염색체 X,Y 사이의 상관관계를 표현한 그림 같습니다. 자세한 설명이 없어서 잘은 모르겠지만, 연결 선이 있는 부분이 서로 연관이 있는 것 같습니다.

위 그림 들이 너무 화려해서 뭐가 뭔지 잘 모르겠다는 분은, aero님이 circos를 이용하여 만드신 그림을 참고하시면 좋을 듯 합니다. :)

링크:
http://mkweb.bcgsc.ca/circos/?home